A korai évek
Az 1847-re felépült Magyar Nemzeti Múzeum már tartalmazott embertani anyagot, ugyanis Jankovich Miklós gyűjteményéből ide került egy koponya, melyet Ladánybene faluból, Benepuszta mellől tártak fel. Az adakozó Jankovich így írt róla: "...egy hősnek, hihetőleg Bene vitéznek, ki még a tizedik század elején, Solt fejedelemmel, I. Berengár császárnak diadalmas védelmében, Olaszországban jelen volt".
1872-ben a Nemzeti Múzeumból kivált néprajzi részleg Néprajzi Múzeum néven önállósult. Itt nyert elhelyezést a koponyagyűjtemény is.
Hazánk legelső antropológusa, Ponori Török Aurél 1881-ben a világon ötödikként megalakuló budapesti Embertani Tanszékre történő kinevezésekor a tanszék működésével kapcsolatos teendők felsorolásában részletesen kitért a felállítandó embertani múzeumra is, mint írta: "...hogy az embertani búvárlat hazánkban minél inkább meggyökeresedjék".
Az Embertani Tár gyűjteményét 1896-ban Jankó János etnográfus, a Néprajzi Múzeum akkori igazgatója alapozta meg, aki szorgalmazta a múzeumon belüli önálló gyűjtemény létrehozását. Megfogalmazása szerint: "...a Laboratórium feladata a hazánk területén élt népek embertani leleteinek gyűjtése, népünk őstörténetére vonatkozó embertani múlt feltárása, és hazánk jelenkori népességének megismerése". Ezek máig érvényes feladataink.
Jankó János 1898. évi, Ob melléki expedíciójáról 29 osztják koponyából álló értékes gyűjteményt, Fenichel Sámuel pedig Pápua-Új Guineából 46 darab koponyát hozott haza. Bornemisza Pál 19 afrikai, Xántus János 1 mexikói maja koponyával, Back Fülöp pedig 36 egyiptomi múmiával gazdagította a gyűjteményt. Ezeket az koponyákat jelenleg is a Tár őrzi (lásd a Poszt-pleisztocén népességek csontvázgyűjteménye).
A 20. század első évtizedeiben Bartucz Lajosnak – az Embertani gyűjtemény akkori vezetőjének – a régészekkel, különösen az író Móra Ferenccel kialakított jó kapcsolatai eredményeként, hazánkban is megkezdték az ásatásokból származó régészeti leletekkel együtt az emberi csontmaradványok összegyűjtését is.
A II. világháború után
Az Országos Természettudományi Múzeum megbízott főigazgatója, Tasnádi-Kubacska András a Magyar Királyi Vallás- és Közoktatásügyi Minisztériumhoz intézett, 1945. május 15-én kelt felterjesztésében javasolta, hogy a Természettudományi Múzeum ötödik 
táraként Embertani Tár létesüljön: "Ezzel azt kívánjuk elérni, hogy az emberrel foglalkozó tár az őt megillető helyre, a biológiai tudományok csoportjába kerüljön". A Tár vezetésével Nemeskéri János középiskolai tanárt bízta meg. A felterjesztést 1945. június 8-án hagyták jóvá, s ezzel a gyakorlatilag már 1945. március 1. óta a Baross utcában működő Embertani Tár hivatalosan is megalakult.
A Tár a VIII. ker. Baross u. 13. szám alatt kapott helyet, de az 1956-os forradalom alatti belövések miatt 1956-57 folyamán néhány hónapig az Újkori Történeti Múzeum – V. ker. József nádor tér 2. szám alatti – épületében helyezték el, majd 1957 tavaszán a Petőfi Irodalmi Múzeum – VI. ker. Bajza u. 39. szám alatti – épületébe vitték.
Tóth Tibor 1958-ban kezdett el dolgozni az Embertani Tárban, majd 1965-től 1990-ig volt annak vezetője.
1999-ben került a mai helyére, a Ludoviceumba. Az intézmény a magyar antropológiai kutatások egyik fő bázisa. Anyagát a neolitikumtól a magyar történelem újkoráig tartó időszakba datált leletek alkotják. Az 1968-as felmérések alapján ez volt a Föld hatodik legnagyobb gyűjteménye, és manapság is az első tíz között tartják számon.
Napjainkban
A leltározott Poszt-pleisztocén- és Pleisztocén népességek csontvázgyűjtemény több, mint 35000 egyén csontanyagát, a leltározatlan csontvázgyűjtemény pedig közel 10.000 egyén csontanyagát tartalmazza. A Múmiák gyűjteménye 264 egyén maradványait tartalmazza. Az Arcrekonstrukciók gyűjteménye több mint 300, a Másolatok gyűjteménye 31 tárgyat tartalmaz.
A Tár őrzi az ember elődeinek Magyarország területéről származó fosszilis leleteit és a hazánk területén régen élt, történeti népességek embertani csontmaradványait is. Alapvető feladatunk ennek a gazdag, térben és időben egyaránt reprezentatív leletanyagnak a tudományos feldolgozása, és az eredmények kiállításokon való bemutatása.