A Balkán természettudományos feltárásában a kezdetektől fogva jelentős volt a magyar kutatók szerepe, eredményeik Európa-szerte ismertek és elismertek. Sokuknak volt valamilyen kapcsolata a Magyar Természettudományi Múzeummal, akár úgy, hogy munkatársak voltak, akár úgy, hogy tőlük származó anyagok találhatók intézményünkben. Külön kiemelendő, hogy kutatóink gyűjtőútjaik, expedícióik során nemcsak saját szűkebb szakterületükre koncentráltak, hanem a lehetőségekhez mérten sokféle állatcsoportot és növényt gyűjtöttek.
A Kárpát-medencei flóra kutatásában úttörő Kitaibel Pál (1757–1817) 1794-es és 1802-es útjai során is járt a Velebit-hegységben (mai Horvátország). Waldstein Ádámmal közösen jelent meg élete fő műve a „Descriptiones et Icones Plantarum Rariorum Hungariae”, melyben közel 300 taxont tárgyalnak. Nevükhöz összesen 222 taxon leírása kötődik, melyek közül többet - pl. Achillea croatica, Rosa croatica, Hieracium croaticum - balkáni útjai során gyűjtött Kitaibel.
Frivaldszky Imre (1799-1870) balkáni kutatásai az 1820-ban megvalósított mehádiai utazással kezdődtek. Ide egy évtized múlva 1830-ban már tervszerűen küldte Füle Andrást rovarokat gyűjteni. Később Macedóniába, Törökországba (Ruméliába) és a Balkán-hegység lábához szervezett 1833-as expedíciót is Füle vezeti, aki rablógyilkosság áldozata lesz. A hazakerült expedíciós anyagban fedezi fel a Haberlea növény-génuszt, valamint további 3 növény-, 10 lepke-, 24 bogár- és 3 csigafajt, amit magyar és latin nyelven ír le a Magyar Tudós Társaság évkönyvének oldalain. Az 1835–1836-as esztendőkben szintén a Balkán-hegységbe és Macedóniába küldött újabb expedíciójának eredménye 18 tudományra új faj (6 növény-, 3 lepke- és 9 bogár) leírása, amit ugyancsak a tudóstársasági évkönyvben publikált. Az expedíciót Karl Hinke vezeti. További expediciót küld a Balkánra 1841-ben Nogel István vezetésével, majd 1843-ben Zách Ferencet delegálja Krétára. Ő maga Herkulesfürdő-Mehádia környékén gyűjt. Majd Frivaldszky Jánost küldi Zách után 1845-ben a körmöci Terren András társaságában. Az 1845-ben megalakult Természettudományi Társulat évkönyvében összegezi balkáni útjainak eredményeit. 1846-ban nagy Balkáni-gyűjtőútra indul Frivaldszky Jánossal, és átmennek Kisázsiába, gyűjtenek Kréta és Korfu szigetén is. Az 1848–1849-es szabadságharc és az azt követő változások a balkáni kutatás folytatását lehetetlenné teszik.
Frivaldszky Imre több mint száz növény- és közel kétszáz állat-fajcsoport nevet javasolt, amelyek nagy részét nem ő, hanem kortársai írták le a Frivaldszky általa finanszírozott expedíciók anyagából, ami csere- vagy vásárlás útján jutott a külföldön élő kollégákhoz. Érdekességként említjük meg, hogy ő írta le a jellegzetes hangú balkáni kacagó gerlét (Streptopelia decaocto), mely az 1930-as évektől a Kárpát-medencében is megjelent és mára nálunk is közönségessé vált. Nevét számos, általa felfedezett faj viseli pl. Gobius frivaldszkyi (hal), Balcanodiscus frivaldskyanus (csiga), Thecla frivaldszkyi (lepke) továbbá a Frivaldszkyola lepkegénusz is.
Jelentős eredményeket ért el a Balkán flóra-kutatásában Janka Viktor (1837–1890). Gyűjtött a mai Bulgária és Görögország területén, útjainak eredményeként írta le például a Nectaroscordum bulgaricum Janka (Alliaceae), Peucedanum macedonicum Janka (Umbelliferae) és Serratula thracica Janka (Compositae) fajokat.
Brancsik Károly (1842–1915) orvos, zoológus, a Trencsénvármegyei Múzeum egykori igazgatója három ízben tett hosszabb gyűjtőutat Dalmáciában, Boszniában és Hercegovinában (1885, 1888, 1905) az ott gyűjtött és feldolgozott anyag révén komoly érdemeket szerzett ezen területek faunájának és flórájának kutatásában.
Korában a balkáni flóra legjobb ismerőjének tartották Degen Árpádot (1866–1934), aki már fiatalon, Lojka Hugó lichenológussal járt Boszniában és Hercegovinában (1886). Később gyűjtött Törökországban, Görögországban, és 1905-től tartó módszeres munkájának eredményeként született meg a ma Horvátországhoz tartozó Velebit hegység négykötetes flóra-monográfiája (Flora Velebitica, 1936–1938). Az általa leírt növényfajok száma több száz, ezek jelentős része balkáni (pl. Seseli serbicum Degen, Aster albanicus (Degen) Degen, Crepis turcica Degen et Baldacci, stb.). Fajokat nem csak saját, hanem mások gyűjtéseiből is leírt, feldolgozta például Dörfler macedóniai, Antonio Baldacci bolognai tanár albániai, Fiala Ferenc boszniai, hercegovinai és montenegrói és Dieck Šar-Dagh- és Badicka Karašitza hegységi növénygyűjtéseit. A Baldacci által a dél-albániai Nemërçkë hegységben gyűjtött Astragalus-fajt (Leguminosae) megtalálója tiszteletére Astragalus baldacci Degen -nek nevezte el. Nevének állít emléket az August Hayek által leírt Degenia (Cruciferae) növénynemzetség, valamint számos balkáni faj, mint a Ranunculus degenii Kümm. et Jáv. (Ranunculaceae), Dianthus degenii Bald. (Caryophyllaceae) vagy a Galium degenii Bald. ex Degen (Rubiaceae). Az általa indított Magyar Botanikai Lapok korának egyik legjelentősebb botanikai folyóirata, mely elsősorban a Balkán flórájával foglalkozik. Saját, és mások gyűjtéseiből származó herbáriuma Európa egyik legnagyobb magánkézben levő balkáni növénygyűjteménye volt.
Nopcsa Ferenc báró (1877–1933) geológus és paleontológus 1903-tól kezdve számos alkalommal járt Észak-Albániában, kutatásainak eredményét az élete egyik főművének tartott „Geographie und Geologie Nordalbaniens” című monográfiában foglalta össze. Geológiai és paleontológiai kutatásai mellett felbecsülhetetlen értékű néprajzi anyagot is gyűjtött, az albán életmódról és szokásokról „A legsötétebb Európa” című könyvében írt. Emlékét őrzi többek között a Cem szurdokból leírt Gyralina nopcsai nevű csigafaj.
Csiki Ernő (1875–1954) rovarász az első világháború előtt gyűjtött Boszniában és Dalmáciában (1906), majd a világháború alatt Albániában (1916–1918), ekkor az Osztrák-Magyar Monarchia Észak-Albániába történő bevonulása – mely a hazai minisztérium tudománypártolásával párosult – lehetővé tette a megszállt területek intenzív tudományos feltárásának megkezdését. Valószínűleg ő volt az első természettudós, aki feljutott a Korabra és a Gjalicára. Csodával határos módon, még éppen néhány héttel az albániai arcvonal összeomlása előtt sikerült biztonságosan hazajuttatnia a rengeteg új fajt is tartalmazó páratlan tudományos értékű anyagát. Nevét viseli az általa gyűjtött Knautia csikii növényfaj.
Az Osztrák-Magyar Monarchia csapatainak Albánia északi részébe való benyomulása tette lehetővé, hogy a Kultuszminisztérium költségén Jávorka Sándor (1883–1961) növénytani kutatásokat végezhessen 1916–1918 között Észak-Albánia mészkő-hegyvidékén és szerpentin-területein. Az útjai során gyűjtött anyagból írta le például a Nopcsa Ferencről elnevezett Gentiana nopcsae Jáv. (Gentianaceae) és a gróf Teleki Pál (aki akkor a Jávorka útját megszervező MTA keleti bizottságának vezetője volt) tiszteletére elnevezett Lunaria telekiana Jáv. (Cruciferae) növényfajokat. Később is több alkalommal kereste fel a Balkán-félszigetet (Albánia 1955, Bulgária 1929).
Szatala Ödön (1889–1958) botanikus, zuzmókutató. A Vetőmagvizsgáló Intézet munkatársa, majd igazgatója, 1952-tól az MTM Növénytárának munkatársa. Részt vett az MTA hercegovinai (1918), bulgáriai (1929) és görögországi (1932) expedícióin, későbbi bulgáriai (1954) és albániai (1956) gyűjtőútjaira pedig már az MTA megbízásából utazott. Mintegy száz tudományra új zuzmófajt írt le, sajnos a Bolgár Tudományos Akadémia felkérésére elkezdett ’Bulgária zuzmóflórája’ c. művét már nem tudta befejezni.
Főleg harasztok kutatásával vált ismertté Kümmerle Jenő Béla (1876–1931), emellett azonban gyűjtött virágos növényeket és tengeri algákat is. Balkán-félszigeti gyűjtései főleg az Adria partvidékéről, Rab és Krk szigetéről, valamint a Velebit hegységből származnak, de 1918-ban kollégáival járt Észak-Albániában is.
Jávorka Sándorral és Szatala Ödönnel járt Bulgáriában Pénzes Antal (1895–1984) 1929-ben, melynek eredménye herbáriumi kiadványa a „Flora Bulgarica Exsiccata”. Ezen kívül is többször járt Bulgáriában (1935, 1936, 1938, 1960), illetve egyszer Jakucs Pállal Macedóniában (1964). Számos balkáni taxont írt le, mint a Vinca balcanica Pénzes, a Rhamnus albanica Pénzes vagy a Juniperus albanica Pénzes.
Soós Lajos (1879-1972) malakológus még az I. világháború előtt foglalkozott a horvát karsztvidék és a Lika fennsík puhatestű faunájával és többek között az itteni fedeles tölcsércsigákkal (Cochlostoma) foglalkozó tanulámányával alapozta meg nemzetközi hírnevét.
Gozmány László (1921–2006) entomológus, nyelvész. A Természettudományi Múzeum Lepkegyűjteményének vezetője (1950–1983); az Állattár tud. főmunkatársa (1963–1974), igazgatóhelyettese (1974–1983). 1958-ban nemzetközi rovartani expedíció tagjaként kutatott Montenegróban. Később rendszeresen gyűjtött Görögország különböző helyein és Krétán. Több balkáni Microlepidoptera anyagot is feldogozott. Számos tudományra új lepkefajt írt le a területről. Élete egyik nagy műve, Görögország lepkeinek monográfiája halála után, sorozatként jelenik meg.
Drimmer László (1925–2009) malakológus és önkéntes múzeumi preparátor. Önkéntes preparátorként elévülhetetlen érdemei vannak abban, hogy a múzeum teljes puhatestű anyagából több mint 100.000 tétel van számítógépes adatbázisban. 1981 és 1994 között hét gyűjtőuton vett részt Jugoszláviában és a görög szigeteken. Az általa gyűjtött anyagból több új Albinaria faj valamint a róla elnevezett Cochlostoma auritum drimmeri lettek leírva.
Zicsi András (1928–2015) a gyűrűsférgek nemzetközi szinten is kiemelkedő specialistája. 1954-től az MTA-ELTE Talajzoológiai Kutatócsoport munkatársa, majd 1983-1998 között vezetője. Nevéhez kötődik az Magyar Természettudományi Múzeum földigiliszta gyűjteményének létrehozása, mely ma világszinten az egyik legjelentősebb gyűjtemény. Jelentős afrikai és Dél-amerikai gyűjtőexpedíciói mellett több balkáni kutatóúton is részt vett (volt jugoszláv államok: 1969, 1970, 1972; Görögország: 1979, 1980), melyek anyagából számos új földigiliszta fajt írt le.
Mahunka Sándor (1937–2012) világhírű akarológus, a Magyar Tudományos Akadémia rendes tagja, a Magyar Természettudományi Múzeum főigazgató-helyettese (1985–2004), az MTA Biológiai Tudományok Osztályának elnökhelyese (1998–2005), és az MTA Zootaxonómiai Kutatócsoport vezetője (1998–2011). Tizenhét közleményében foglalkozott a Balkán atka faunájával, és ezekben összesen 78 atka fajt írt le a régióból (ezek közül 58 Oribatida, 2 Acarida, 8 Anoetida és 10 Tarsonemida).
Pintér László (1942–2002) malakológus, tanár, ferences rendi szerzetes. 1967 és 1999 között 18 gyűjtőutat szervezett Bulgária, Görögország, és az egykori Jugoszlávia területére. Ezek eredményeként mintegy nyolcvan új puhatestű fajt és alfajt fedezett fel. Elsősorban neki köszönhető, hogy az MTM Puhatestű-gyűjteménye az 1956-ban bekövetkezett teljes pusztulása után néhány évtizeddel újra Európa egyik legjelentősebb balkáni gyűjteményével büszkélkedhet.