Tudományos munkánk alapját a gyűjtemények jelentik, célunk azok erősségeit (történetiség, taxonómiai és földrajzi lefedettség) kihasználva minél értékesebb teljesítmény felmutatása. A tudományos témák fő irányai a következők:
1. Gyűjteményeken alapuló kutatás, muzeológiai feldolgozás
2. Kárpát-medence és környéke jelenlegi és múltbeli bio- és geodiverzitása
3. Délkelet-Európa biodiverzitása
4. Kelet-Ázsia biodiverzitása
5. Szélesebb léptékű, világ szintű monografikus taxonómiai kutatások
6. Természetvédelmi célú kutatások
7. Tudománytörténeti kutatások
A kutatások egy része hazai és nemzetközi projektek keretében zajlik. Hazai támogatások közül az OTKA pályázatok a legfontosabbak. A természetvédelmi célú kutatások többsége megbízásos kutatási munka. Mindezek mellett számos kis költségigényű, a gyűjtemények sokrétű feldolgozására irányuló kutatás folyik, amelyek szintén sok rangos publikációt eredményeznek.