A gyűjteménybe a következő, egykor külön nyilvántartott kollekciók maradványai vannak beolvasztva (zárójelben a megszerzés éve):
• Brunswick–Forray–Chotek-gyűjtemény (eredetileg 3755 db; 1827/1850)
• Gyurcsák János alezredes gyűjteménye (1834)
• a Királyi Magyar Természettudományi Társulat gyűjteménye (eredetileg 1449 ásvány, kőzet és 1 meteorit; 1856)
• Lobkowitz-gyűjtemény (eredetileg 39 425 ásvány, kőzet és ősmaradvány; 1870)
• Mikecz András gyűjteménye (1851)
• Podmaniczky Károly báró gyűjteménye (eredetileg 3524 példány; 1842)
• Ransonnet-Villez Lajos gyűjteménye (1848/49)
• Schuster János gyűjteménye (1848 előtt)
• Szaibély István gyűjteménye (1839)
Ezenkívül a további, egykor önálló leltárkönyvi egységet jelentő nagyobb gyűjtemények maradványait őrizzük:
• Anton Fauser gyűjteménye (eredetileg 3436 tétel; 1885)
• az Esterházy-hercegek gyűjteménye (az ásványtani rész eredetileg 4767 darab; 1882/1883)
• Kitaibel Pál gyűjteménye (eredetileg 772 tétel; 1818)
• Schuchardt–gyűjtemény (Görlitz) (eredetileg 5079 db; 1890)