Az 1956-os forradalom során az Állattár Baross utcai épületét gyújtóbomba-találat érte. A tűzvészben a Madárgyűjtemény teljesen megsemmisült. Elveszett a körülbelül 36 ezer montírozott és bőrpreparátum (ebből 20 ezer Kárpát-medencén kívüli), és a mintegy 22 ezer darab tojás (azaz nagyjából 5000–6000 fészekalj) is. Különösen fájó a trópusi anyagok megsemmisülése, a gyűjteményben 1956 előtt 3000 kolibrit (Trochilidae) őriztek.
A mai gyűjtemény lényegében két fő célt szolgál. A montírozott példányokat – melyek közül kiemelkedő értéket képeznek Hüttler Béla és Bagó László preparátumai – leginkább az ismeretterjesztésben használjuk, segítségükkel különböző kiállításokon és rendezvényeken bemutathatjuk a madarakat (mind a nagyközönségnek, mind a szakmai felhasználóknak). A bőrgyűjtemény, a csontgyűjtemény, valamint a tojás- és madárfészek-gyűjtemény anyagai elsősorban a tudományos feldolgozást segítik.
A Madárgyűjtemény kiemelkedő gyűjtői
Xántus János: 787 példány (Borneó, Közép-, Dél- és Észak-Amerika, 1845–1900)
Bíró Lajos: 580 példány (Borneó, Délkelet-Ázsia, 1887–1909)
Dr. Madarász Gyula: 1339 példány (Srí Lanka, Kelet-India, Szudán, Egyiptom, Kárpát-medence, 1880–1911)
Kittenberger Kálmán: 1818 példány (Kelet-Afrika, 1903–1913)
A gyűjtemény legjelentősebb kurátora
Dr. Madarász Gyula 1879-ben lépett a Magyar Nemzeti Múzeum Állatárának szolgálatába, ahonnan több mint három és fél évtizeddel később, 1915-ben igazgató-őrként vonult nyugdíjba. Nemzetközileg elismert ornitológus volt, aki a hazai madárfauna kutatása mellett a világ madarainak is kiváló ismerője volt, számos faj és alfaj leírása kapcsolódik nevéhez. Bár ezek többségét mára már szinonimizálták, néhány alfaja ma is érvényes.
Hazai gyűjtőútjai mellett Szicíliában, Bulgáriában, Srí Lankán, Kelet-Indiában, Kelet-Szudánban és Dél-Egyiptomban is gyűjtött. A múzeum gyűjteményét több mint 1300 madárpreparátummal, és számos, a Kárpát-medence területén gyűjtött fészekaljjal gyarapította.
Jelentős ornitológusok
Petényi János Salamon
Madarász Gyula
Greschik Jenő
Homonnay Nándor
Horváth Lajos
Nevezetes gyűjteményrészek
Az 1956-os tüzet átvészelt példányok
Kittenberger Kálmántól
Góliátgém, 2 példány (Ardea goliath), Kelet-Afrika
Papucscsőrű gólya (Balaeniceps rex), Kelet-Afrika
Bantu cinege (Parus albiventris), a Ngare Dowash (a mai Mara) folyó mellől, Kelet-Afrika
Xántus Jánostól
Kontyos lunda (Fratercula cirrhata), Kalifornia
Jambu gyümölcsgalamb (Ptilinopus jambu), Malacca (a mai Melaka), Malajzia
I. Ferenc Józseftől
Szenegáli bozótkakukk (Centropus senegalensis), 1852-ben lőtte Afrikában
Herman Ottótól
Ugartyúk (Burhinius oedicnemus) trófea
Jelentős, több száz fészekaljat tartalmazó tojásgyűjtemények
Janisch Miklós, Király Iván, Máté László, Povázsay László, Radetzky Dezső és Varga Ferenc gyűjteményei
Jelentős gyűjtések
Gajdács Mátyás gyűjtése Etiópiából
Jose Hidasi anyaga Brazíliából