| Fondnév | Időszak | Terjedelem |
| Állattár | 1900-1965 | 35 doboz |
| Állattár. Diptera Gyűjtemény | 1957(-1958)- | 3 doboz |
| Állattár. Évi jelentések | 1913-1914 | 1 doboz |
| Állattár. Iktatókönyv | 1887-1952 | 10 kötet |
| Állatár. Katalógusok (leltárak) | ?-1943-1949-? | 1 doboz + 1 kötet |
| Állattár. Munkajelentések | 1955-1963 | 2 doboz |
| Állattár. Névmutató könyv | 1933-1951? | 4 kötet |
| Állattár. Pénztári naplók | 1896-1944 | 1 doboz + 1 kötet |
| Állattár. Régi katalógusok | 1 doboz | |
| Állattár. Tárgyleltár | 1913-1944 | 2 kötet |
| Állattár. Tárgymutató könyv | 1933-1952 | 4 kötet |
| Állattár. Vegyes irattári anyag | 1950-1954 | 1 doboz |
| Ásványtár. [Pénztárkönyv] | 1937-1944 | 1 kötet |
| Belső ellenőrzés | 1963-1972 | 1 doboz, részben |
| Dolgozók, személyi ügyek | 1950-1986 | 5 doboz |
| Embertani Tár | 1945-1994 | 38 doboz |
| Embertani Tár. Iktatókönyvek | 1945-'58, 1965-'91 | 2 doboz |
| Expedíciók. Egyiptom, Szudán | 1957-1958 | 1 doboz |
| Fotómunkák naplója | 1968-1974 | 1 kötet |
| Főigazgatóság | 1933-1981 | 147 doboz |
| Főigazgatóság. [I.] ötéves terv | 1951 | 1 doboz |
| Főigazgatóság. Építési tervek (múzeum, tárak) | 1 doboz | |
| Főigazgatóság. Hároméves kutatási terv | 1968 | 1 doboz, részben |
| Főigazgatóság. Iktatókönyv | 1919, 1933-'81 | 11 kötet + 4 doboz |
| Főigazgatóság. Jutalom | 1965-1967 | 1 doboz, részben |
| Főigazgatóság. Küldöldi utak | 1957-1967 | 1 doboz, részben |
| Főgazgatóság. Munkatervek, munkajelentések | 1953-1968 | 11 doboz |
| Főigazgatóság. Név- és tárgymutató | 1933-1981 | 11 kötet + 4 doboz |
| Főigazgatóság. OTKA-pályázatok | 2 doboz | |
| Főigazgatóság. Pályázatok | 1993-1995 | 2 doboz |
| Főigazgatóság. Pénztárkönyv | 1937-1944 | 1 kötet |
| Főigazgatóság. Postakönyvek | 3 doboz | |
| Főigazgatóság. [Vegyes] | 1941-1997 | 1 doboz |
| Főigazgatóság. Segélyezés | 1 doboz, részben | |
| [Ismeretlen cédulakatalógus] | 1 doboz | |
| Kiküldetések pénztárkönyv | 1937-1944 | 1 kötet |
| Kiküldetési jelentések | 1959-'60, 1962-'63, 1968-'71 | 2 doboz |
| Kiskunsági Nemzeti Park és Duna-Tisza köze flórája | 4 doboz | |
| Kiszállások útijelentései | 1961-1972 | 1 doboz |
| KNEB-vizsgálat | 1959-1964 | 1 doboz, részben |
| Könyvkötészeti napló | 1 doboz, részben | |
| Könyvtár [rendezetlen] | 18??-199? | 8 doboz |
| Könyvtár. Belső szabályzatok | 1972-1988 | 1 doboz, részben |
| Könyvtár. Iktatókönyv | 1950-1952 | 1 kötet |
| Könyvtár. Külföldi csere | 1974-1983 | 2 doboz |
| Könyvtár. Külföldi folyóiratrendelés | 1968-1977 | 1 doboz |
| Könyvtár. Levelezés | 1973-1987 | 3 doboz |
| Könyvtár. Munkajelentések, munkatervek | 1976-1993 | 1 doboz |
| Könyvtár. Periodikumok | 1967-1990 | 1 doboz, részben |
| Könyvtár. Személyi anyagok | 1 doboz, részben | |
| Közművelődési csoport | 1971-1979 | 1 doboz |
| Leltárkönyv | 1821-1883 | 2 doboz |
| Leltárnaplók | 1821-1915 | 2 doboz |
| Növénytár | 1826-'82, 1891-1953, 1956-'87 | 57 doboz |
| Növénytár. V. ötéves terv | 1976-1980 | 1 doboz, részben |
| Növénytár. VI. ötéves terv | 1981-1985 | 1 doboz, részben |
| Növénytár. A 100 éves Növénytár története | 1 doboz, részben | |
| Növénytár. Akadémiai munkatervek, munkajelentések | 1960-1976 | 1 doboz |
| Növénytár. [Beszerzési számlák] | 1915-1935 | 1 kötet |
| Növénytár. Bútorzati szakleltár | 1949 | 1 kötet |
| Növénytár. Címjegyzékek | 1 doboz, részben | |
| Növénytár. Eltávozási könyv | 1957-1964 (kihagyásokkal) | 4 kötet |
| Növénytár. Exsiccata levelezés, I-CI. | 2 doboz | |
| Növénytár. Exsiccaták jegyzékei | 1 doboz | |
| Növénytár. Gyűjteménygyarapodási napló | 1960-1979 | 1 doboz, részben |
| Növénytár. Gyűjteményi jegyzékek | 3 doboz | |
| Növénytár. Iktatókönyvek | 1890-'96, 1898-1952, 1958-'71, 1974-'85 | 10 kötet |
| Növénytár. Iratmásolatok | 1 doboz, részben | |
| Növénytár. Katalógusok | 1814-cca 1938 | 2 doboz |
| Növénytár. Kiszállások, útijelentések | 1979-1985 | 1 doboz |
| Növénytár. [Költözködés] | 1977 [skk.] | 5 doboz |
| Növénytár. Középtávú munkaterv | 1972-1975 | 1 doboz, részben |
| Növénytár. Leltárjegyzékek | 1 doboz | |
| Növénytár. Mérgező napló | 1 doboz, részben | |
| Növénytár. Munkajelentések, munkatervek | 1964, 1968-'85 | 3 doboz |
| Növénytár. Nemzeti parkok kutatása (ANP, KNP). Kiszállások, jelentések | 1981-1984 | 1 doboz |
| Növénytár. [A] Növénytár vendégkönyve | 1 doboz, részben | |
| Növénytár. Növénytári vetélkedők, pályamunkák | 1 doboz | |
| Növénytár. Pénztárkönyvek | 1937(-1944)- | 1 kötet + 1 doboz, részben |
| Növénytár. Növedéknapló | 1879-1931 | 1 doboz, részben |
| Növénytár. Postakönyvek | 1898-1948 | 1 doboz, részben |
| Növénytár. Utalványozási napló | 1 kötet | |
| Növénytár. Vajdahunyadvár építési munkálatok | 1952 | 2 doboz |
| Szakszervezet | 1 doboz | |
| Természetiek Tára | 1807-1889 | 8 doboz |
| Természetiek Tára. Vegyes iratok | 1852-1936 | 1 doboz |
| Természetrajzi Laboratórium és Ornithologiai osztály. Iktatókönyv | 1893-1895 | 1 kötet |
| Tudománytörténeti Gyűjtemény | 1949-2006 | 2 doboz |
| Ügyeleti napló [Főigazgatóság]] | 1965-1966 | 1 kötet |
| Vezetési napló [Főigazgatóság] | 1954-1955 | 1 kötet |
| Zoológiai Laboratórium. Leltár | 1891 | 1 kötet |
